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全基因组甲基化测序

服务简介

全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是DNA甲基化研究的黄金标准,它通过Bisulfite处理和全基因组DNA测序结合的方式,对整个基因组上的甲基化情况进行分析,具有单碱基的分辨率,可精确评估单个C碱基的甲基化水平,覆盖范围广。它可以构建精细甲基化图谱,建立表观遗传学研究数据库,为后续大规模开展不同样品间的甲基化差异分析提供参考图谱。

技术流程

    WGBS技术流程
    Expert Rev Mol Diagn. 2015 May;15(5):647-64. doi: 10.1586/14737159.2015.1027194.

服务优势

  • 云蜂生物提供从样品提取、建库测序到数据分析解读的一站式解决方案;
  • 除了交付高质量的测序数据和各种常规性分析结果,我们从待解决的科学问题出发,对数据做深入的分析和挖掘,寻求科学问题的答案;
  • 我们的分析报告包含发表质量的图表和详尽的结果描述,协助您快速完成文章撰写;
  • 从项目方案设计开始,我们的项目负责人(三年以上基因组学研究经验)就全程负责项目执行,直到文章最终投稿发表;

服务流程与内容

  • 项目设计方案优化:在项目前期,根据您的研究目的以经费预算,我们提供项目设计的优化和改进方案;
  • 样品准备:我们可以接收多种不用类型的样本(包括血样,组织、唾液、血液以及FFPE样品),避免您花费大量精力准备合格的基因组DNA样本;
  • 样品提取与文库构建:使用QIAGEN公司的DNA提取试剂盒提取高质量的DNA,并对检测合格的DNA进行文库构建;
  • 高通量测序:用Illumina公司最新的HiSeq 4000或者X10平台完成高通量测序, Paired-end测序,reads读长150bp;
  • 数据分析与解读:利用经过验证的标准化流程完成基本数据分析,并由专业的项目负责人(三年以上基因组研究经验)和您制定个性化分析计划,完成个性化分析任务;
  • 提交分析结果和报告:完成数据分析后,提交原始测序数据、完整的数据分析结果和专业易懂的数据分析报告。

分析内容

对于WGBS,我们提供以下分析

  • 数据统计与质控
  • C碱基的甲基化水平分析
  • 全基因组甲基化水平分布趋势
  • 全基因组DNA甲基化图谱
  • 差异性甲基化区域(DMR)分析

参考文献

[1]. The DNA methylome of human peripheral blood mononuclear cells. PLoS Biol. 2010 Nov 9;8(11):e1000533. doi: 10.1371/journal.pbio.1000533.

[2]. Advances in the profiling of DNA modifications: cytosine methylation and beyond.Nat Rev Genet. 2014 Oct;15(10):647-61. doi: 10.1038/nrg3772. Epub 2014 Aug 27.

[3]. Finding the fifth base: genome-wide sequencing of cytosine methylation.Genome Res. 2009 Jun;19(6):959-66. doi: 10.1101/gr.083451.108. Epub 2009 Mar 9.