数字基因表达谱测序

服务简介

数字基因表达谱测序（RNA Sequencing，RNA-seq）先将细胞中所有转录产物中的mRNA进行富集，然后随机打断并用随机的六碱基引物反转录为cDNA，构建测序文库后用Illumina的测序平台进行高通量测序。该技术结合了转录组测序建库的试验方法与数字基因表达谱的信息分析手段研究样本间的基因表达差异，可广泛的应用于系统进化、生长发育调控、疾病致病机理、免疫应答、生物标记和药物开发等各种研究领域。

技术流程

RNA-seq技术流程
Cold Spring Harb Protoc. 2015 Apr 13;2015(11):951-69. doi: 10.1101/pdb.top084970

服务优势

• 云蜂生物提供从样品提取、建库测序到数据分析解读的一站式解决方案；
• 除了交付高质量的测序数据和各种常规性分析结果，我们从待解决的科学问题出发，对数据做深入的分析和挖掘，寻求科学问题的答案；
• 我们的分析报告包含发表质量的图表和详尽的结果描述，协助您快速完成文章撰写；
• 从项目方案设计开始，我们的项目负责人（三年以上基因组学研究经验）就全程负责项目执行，直到文章最终投稿发表；

服务流程与内容

• 项目设计方案优化：在项目前期，根据您的研究目的以经费预算，我们提供项目设计的优化和改进方案；
• 样品准备：我们可以接收多种不用类型的样本（包括血样，组织、唾液、血液以及FFPE样品），避免您花费大量精力准备合格的RNA样本；
• 样品提取与文库构建：使用QIAGEN公司的RNA提取试剂盒提取高质量的RNA，并对检测合格的RNA进行文库构建；
• 高通量测序：用Illumina公司最新的HiSeq 4000或者X10平台完成高通量测序, Single-end测序，reads读长50bp；
• 数据分析与解读：利用经过验证的标准化流程完成基本数据分析，并由专业的项目负责人（三年以上基因组研究经验）和您制定个性化分析计划，完成个性化分析任务；
• 提交分析结果和报告：完成数据分析后，提交原始测序数据、完整的数据分析结果和专业易懂的数据分析报告。

分析内容

• 测序评估（包括：数据比对统计、测序质量评估、测序饱和度分析、测序随机性分析、Reads在参考基因/基因组上的分布）；
• 基因表达注释（包括：基因覆盖度统计、结果文件列表、结果文件示例）；
• 主成分（PCA）分析（五个或五个以上样品）；
• 差异表达基因筛选（包括：差异基因统计图、差异基因表达图、所有基因表达差异结果、差异表达基因筛选结果）；
• 差异基因表达模式聚类分析；
• 差异基因GO功能显著性富集分析；
• 差异基因Pathway显著性富集分析；
• 差异基因的蛋白互作网络分析。

参考文献