人外显子组重测序
服务简介
人外显子组测序（Whole Exome Sequencing，WES）是利用设计好的全外显子组区段的探针通过杂交捕获的手段富集外显子区域的DNA序列，并通过高通量测序的手段寻找与功能相关的变异位点的技术。由于人的全部外显子仅占全基因组总大小的1%左右，因此相对于全基因组重测序而言，外显子组测序性价比更高，能够更加快速的发现与表现相关的位点及基因，目前已经广泛应用于单基因病、复杂疾病、癌症以及人群迁移和进化等各个研究领域。
技术流程
Nat Rev Genet. 2011. doi: 10.1038/nrg3031.
服务优势
- 云蜂生物提供从样品提取、建库测序到数据分析解读的一站式解决方案；
- 除了交付高质量的测序数据和各种常规性分析结果，我们从待解决的科学问题出发，对数据做深入的分析和挖掘，寻求科学问题的答案；
- 我们的分析报告包含发表质量的图表和详尽的结果描述，协助您快速完成文章撰写；
- 从项目方案设计开始，我们的项目负责人（三年以上基因组学研究经验）就全程负责项目执行，直到文章最终投稿发表；
服务流程与内容
- 项目设计方案优化：在项目前期，根据您的研究目的以经费预算，我们提供项目设计的优化和改进方案；
- 样品准备：我们可以接收多种不用类型的样本（包括血样，组织、唾液、血液以及FFPE样品），避免您花费大量精力准备合格的基因组DNA样本；
- 样品提取与文库构建：使用QIAGEN公司的DNA提取试剂盒提取高质量的DNA，并对检测合格的DNA进行文库构建；
- 高通量测序：用Illumina公司最新的HiSeq 4000或者X10平台完成高通量测序, Paired-end测序，reads读长150bp；
- 数据分析与解读：利用经过验证的标准化流程完成基本数据分析，并由专业的项目负责人（三年以上基因组研究经验）和您制定个性化分析计划，完成个性化分析任务；
- 提交分析结果和报告：完成数据分析后，提交原始测序数据、完整的数据分析结果和专业易懂的数据分析报告。
分析内容
- 测序数据比对及变异检测
- SNP、InDel变异注释
- 寻找肿瘤相关的somatic 变异
- 单基因病致病基因分析；
- 复杂疾病的关联分析
- 群体进化分析；
- 基于家系的de novo mutation分析
- 群体历史的选择分析。
参考文献
[1]. Resequencing of 200 human exomes identifies an excess of low-frequency non-synonymous coding variants. Nat Genet. 2010 Nov;42(11):969-72. doi: 10.1038/ng.680. Epub 2010 Oct 3.
[2]. Single-cell exome sequencing and monoclonal evolution of a JAK2-negative myeloproliferative neoplasm. Cell. 2012 Mar 2;148(5):873-85. doi: 10.1016/j.cell.2012.02.028.
[3]. Whole-exome sequencing of 2,000 Danish individuals and the role of rare coding variants in type 2 diabetes. Am J Hum Genet. 2013 Dec 5;93(6):1072-86. doi: 10.1016/j.ajhg.2013.11.005. Epub 2013 Nov 27.
[4]. High-Quality Exome Sequencing of Whole-Genome Amplified Neonatal Dried Blood Spot DNA. PLoS One. 2016 Apr 18;11(4):e0153253. doi: 10.1371/journal.pone.0153253. eCollection 2016.
[5]. A large-scale screen for coding variants predisposing to psoriasis. Nat Genet. 2014 Jan;46(1):45-50. doi: 10.1038/ng.2827. Epub 2013 Nov 10.
[6]. Exome sequencing as a tool for Mendelian disease gene discovery. Nat Rev Genet. 2011 Sep 27;12(11):745-55. doi: 10.1038/nrg3031.