ChIP-seq

服务简介

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的技术。其原理是通过染色质免疫共沉淀技术富集活细胞状态下的蛋白-DNA复合物，特异性的富集与目的蛋白结合的DNA片段，通过对这些DNA片段的检测来获取蛋白质与DNA相互作用的信息。ChIP-seq结合了高通量测序与ChIP富集技术，可在全基因组范围内对蛋白与DNA的相互作用进行高效的分析，具有成本低、效率高、检测灵敏以及覆盖度高等优势。ChIP-seq研究的目的蛋白主要有组蛋白修饰以及转录因子等。

技术流程

ChIP-seq技术流程
Nat Protoc. 2010 Mar;5(3):457-72. doi: 10.1038/nprot.2009.244.

服务优势

• 云蜂生物提供从样品提取、建库测序到数据分析解读的一站式解决方案；
• 除了交付高质量的测序数据和各种常规性分析结果，我们从待解决的科学问题出发，对数据做深入的分析和挖掘，寻求科学问题的答案；
• 我们的分析报告包含发表质量的图表和详尽的结果描述，协助您快速完成文章撰写；
• 从项目方案设计开始，我们的项目负责人（三年以上基因组学研究经验）就全程负责项目执行，直到文章最终投稿发表；

服务流程与内容

• 项目设计方案优化：在项目前期，根据您的研究目的以经费预算，我们提供项目设计的优化和改进方案；
• 样品准备：我们可以接收多种不用类型的样本（包括富集的DNA、组织、培养细胞等类型样品），避免您花费大量精力准备合格的样本；
• 样品提取与文库构建：使用Illumina公司的建库试剂盒对检测合格的DNA进行文库构建；
• 高通量测序：用Illumina公司最新的HiSeq 4000或者X10平台完成高通量测序, Single-end测序，reads读长50bp；
• 数据分析与解读：利用经过验证的标准化流程完成基本数据分析，并由专业的项目负责人（三年以上基因组研究经验）和您制定个性化分析计划，完成个性化分析任务；
• 提交分析结果和报告：完成数据分析后，提交原始测序数据、完整的数据分析结果和专业易懂的数据分析报告。

分析内容

对于ChIP-seq，我们提供以下分析

1. 数据过滤质控；
2. ChIP 测序序列与参考基因组序列的比对；
3. Peak 分析；
4. Peak注释；
5. 鉴定样品间差异Peak；
6. 样品间差异Peak注释。

参考文献